La spiruline se développe naturellement dans certains lacs et étangs à eaux saumâtres et suffisamment bicarbonatés de pays sub tropicaux. Lorsque les Européens abordèrent en Amérique centrale, ils découvrirent que les Aztèques tiraient du grand lac Texcoco, situé près de Mexico, une sorte de « boue » bleue à haute valeur nutritive, le tecuitlatl ou spiruline.
En Afrique, certaines peuplades du Sahara comme les Kenembous, récoltent depuis très longtemps, dans le lac Tchad, une substance semblable, le dihé, qui est notamment consommée par les femmes enceintes et durant les périodes de pénurie alimentaire.
Dans certains pays en voie de dévelopement, elle est cultivée comme en Chine, en Inde, ou à Hawaï. Comme la spiruline est très riche en nutriments et qu’elle peut être produite localement, elle est utilisée pour combattre la malnutrition dans plusieurs pays. Des « fermes » de production ont été mises sur pied notamment en Inde, au Pérou, au Togo, en Chine et au Vietnam. Des projets pilotes dirigés par l’IIMSAM, un organisme reconnu par les Nations-Unies, sont également en cours dans de nombreux pays.
Selon les auteurs d’une synthèse sur la réhabilitation nutritionnelle, les recherches publiées à ce jour sur la spiruline et la malnutrition présentent des faiblesses importantes, mais plusieurs essais ont donné des résultats positifs. Au cours des années 1970, la spiruline est devenue populaire dans les pays industrialisés comme aliment santé ou supplément alimentaire. À tel point, qu’un certain nombre de « légendes urbaines » se mirent à circuler à son sujet. Par exemple, les allégations au sujet de la perte de poids et du trouble de déficit de l’attention/hyperactivité (TDAH) ne reposent sur aucune donnée probante. Ces usages ne sont pas non plus fondés sur une pratique de médecine traditionnelle, qui repose essentiellement sur le fait que cette algue est un aliment très riche en nutriments.

Plusieurs essais sur des animaux ont démontré que la spiruline a des propriétés antioxydantes, immunostimulantes, antidiabétiques et qu’elle peut réduire les taux de lipides sanguins. Cependant, à ce jour, malgré les allégations de certains producteurs et distributeurs, les données appuyant son efficacité chez l’humain sont insuffisantes. En effet, bien qu’elle ait fait l’objet de plusieurs essais cliniques, nombre d’entre eux sont de faible envergure (30 sujets ou moins) et leur qualité méthodologique laisse souvent à désirer.
On la trouve à l'état sauvage dans de nombreux étangs de la région de Tuléar à Madagascar. Elle est "élevée" dans des bassins d'exploitation de 800 à 2000 m2 et affinée dans un autre bassin avec une surveillance bactériologique rigoureuse. La biomasse récoltée est d'abord séchée au soleil puis dans une cellule à air conditionné.