Après des négociations avec Be Inc. fondé par Jean-Louis Gassée, ex-président de la Product Division d'Apple, c'est finalement vers NeXT et son système NeXTSTEP qu'Apple se tourne, et en fait l'acquisition pour 427 millions d'US$ en décembre 1996. Ce rachat signe le retour de Steve Jobs, qui devient alors conseiller de Gil Amelio. En juillet 1997, le conseil d'administration d'Apple remercie Amelio et propose son poste à Jobs, proposition qu'il décline en acceptant cependant de devenir membre du conseil d'administration, avant de devenir CEO par intérim.
Avec Steve Jobs à la tête de la firme, la réorganisation continue ; en février 1998, FileMaker Inc. (en), filiale d'Apple est formée à partir des vestiges de Claris. Deux semaines plus tard, Apple annonce l'arrêt du développement du Newton et de son système Newton OS (en), après y avoir investi en 11 ans, selon estimation, un demi-milliard de dollars et vendu 150 000 à 300 000 appareils pendant les 4 ans et demi de présence sur le marché, alors que le parc de Pocket PC équipés de Windows CE atteint 500 000 unités.
Lors de la Macworld 1997, Steve Jobs annonce qu'Apple a signé un partenariat avec Microsoft qui comprend le développement pour 5 ans de Microsoft Office sur Macintosh et un investissement de 150 millions d'US$ de titres sans droit de vote. Ce partenariat aboutit à la création de la Macintosh Business Unit (en) au sein de Microsoft, département chargé du développement de logiciels à destination de la plate-forme Apple. Il est annoncé au passage aussi qu'Internet Explorer devient le navigateur web par défaut du Mac OS34.
L'un des premiers produits entièrement conçus sous la direction de Steve Jobs est l'iMac. Son design tout en un, réminiscence du premier Macintosh, est l'œuvre de Jonathan Ive et son équipe. En juillet 1998, la firme annonce son troisième trimestre bénéficiaire consécutif ; le mois suivant, elle lance l'iMac qui se vendra à plus de 800 000 unités lors des cinq premiers mois qui suivront sa commercialisation. En 1999, le processeur PowerPC G4 vient remplacer le G3 au sein de nouveaux Power Mac.
Avec le retour des bénéfices, Apple se lance dans l'achat de petites compagnies et de produits afin de se constituer un catalogue de logiciels de production numérique destinés aux professionnels, mais aussi au grand public.
C'est ainsi qu'en 1998, Apple fait l'acquisition de Final Cut, logiciel de montage, alors propriété de Macromedia. L'année suivante voit la parution de deux logiciels de montage vidéo : iMovie, destiné au grand public et Final Cut Pro, destiné aux professionnels. En 2002, Apple rachète la société Emagic, éditeur du logiciel de musique assistée par ordinateur (MAO) Logic, aboutissant à la création de GarageBand. Les logiciels grand public seront rassemblés dans la suite logicielle multimédia iLife, qui comprend ou a compris les logiciels iTunes, iMovie, iPhoto, iDVD, iWeb et GarageBand.
Le projet Copland ayant été abandonné, Apple avait racheté NeXT en décembre 1996 pour faire du système d'exploitation NeXTSTEP la base du nouveau système d'exploitation des Macintosh, Mac OS X. Ce dernier est fondé sur le micro-noyau Mach implanté dans le noyau XNU, tous deux utilisés par NeXTSTEP, et amélioré à partir du code issu de BSD pour être inclus dans le cœur de Mac OS X, Darwin.
La première version bêta publique sort en septembre 2000. Vendue 30 US$, elle permet d'avoir un aperçu du nouveau système et de pouvoir signaler les bugs rencontrés. La première version de Mac OS X, 10.0 (nom de code cheetah), est quant à elle disponible à partir du 24 mars 2001. Elle contient l'environnement Classic, qui permet de faire fonctionner les applications conçues pour les versions antérieures de Mac OS. Par la suite, Apple publie des mises à jour majeures pour son système d'exploitation : 10.1 "Puma" (25 septembre 2001), 10.2 "Jaguar" (24 août 2002), 10.3 "Panther" (24 octobre 2003), 10.4 "Tiger" (29 avril 2005), 10.5 "Leopard" (26 octobre 2007), 10.6 "Snow Leopard" (28 août 2009) et la dernière version en date 10.7 "Lion" (6 juin 2011).
En 1998, Apple retire ses produits des catalogues de Best Buy, Circuit City, Computer City, Office Max et Sears afin de se concentrer sur CompUSA , où est développé dans le cadre d’un partenariat, le concept d'un « magasin dans le magasin » avec un espace réservé aux produits Apple.
Pour améliorer la visibilité de ses produits, Apple lance sa propre chaîne de boutiques, connues sous le nom d'Apple Store. Les premières ouvrent le 19 mai 2001 à Glendale, Californie et McLean, Virginie. Après les États-Unis, Apple étend sa chaîne au-delà des frontières en commençant par Tōkyō en 2003.Cinq mois après l'ouverture de ses premiers Apple Store, Apple lance son baladeur numérique, l'iPod. Le premier modèle lancé en octobre 2001, est doté d'un disque dur de 5GB pouvant contenir, selon Apple, 1 000 chansons. Apple a par la suite fait évoluer son iPod et a élargi la famille en lançant de nouveaux modèles. Le produit rencontre un grand succès, permettant à Apple de vendre plus de 260 millions d'appareils en neuf ans. Il signe également le début de la diversification d'Apple, levant le cantonnement d'Apple aux Macintosh, ses accessoires et ses logiciels, dans la ligne de la stratégie du hub numérique.
L'année 2002 voit l'arrivée de l'iMac G4, équipé d'un écran LCD orientable, ainsi que l'apparition d'une nouvelle gamme d'ordinateurs : les Xserve, des serveurs rack 1U utilisant 1 ou 2 processeurs. L'année suivante, ils sont rejoints par les Xserve RAID, une solution de stockage dotée de 14 disques durs. Quelques mois plus tard est lancé le Power Mac G5, embarquant un PowerPC 970 produit par IBM. Un lot de 1 100 machines bi-processeur sont utilisées par Virginia Tech pour former son supercalculateur, System X. En novembre 2003, il est classé 3e supercalculateur le plus puissant au monde. Lors de la Macworld Expo en janvier 2005, Apple lance d'une part l'iPod shuffle, plus petit et plus abordable que son grand frère, et d'autre part le mac mini, le Macintosh le plus abordable jamais mis en vente. Enfin, en octobre 2005, les processeurs double cœur font leur apparition chez Apple avec les PowerPC 970MP qui équipent les nouveaux Power Mac lancés à cette occasion.
En avril 2003, conjointement avec le lancement de la troisième génération d'iPod, Apple ouvre l'iTunes Music Store, une boutique de vente de musique en ligne au format Advanced Audio Coding et protégée par le système de DRM FairPlay44. En 2006, le terme music disparaît du nom avec la mise en vente de vidéos sur l'iTunes Store.
Lors de son discours-programme à la Worldwide Developers Conference en juin 2005, Steve Jobs annonce que Apple va procéder à la troisième grande transition (après le passage de l'architecture 68k à l'architecture PPC et la sortie de Mac OS X) qu'a connue le Macintosh : le passage de l'architecture PowerPC à l'architecture Intel x8646. Les Macintosh dotés de processeurs Intel (surnommés « Macintel » ou « Mactel » par la presse spécialisée et les aficionados) font leur apparition sur la catalogue d'Apple en janvier 2006 avec l'iMac et le MacBook Pro utilisant tous deux un processeur Intel Core Duo. Dès août 2006, soit près d'un mois en avance sur le planning, toutes les gammes de Macintosh ont migré vers la plate-forme Intel. Les Power Mac, PowerBook et iBook sont respectivement remplacés par les Mac Pro, MacBook Pro et Macbook.
En mars 2006, un groupe de hackers parvient à faire fonctionner Windows XP sur un Macintosh doté d'un processeur Intel avec un outil mis ensuite à disposition sur leur site. Le mois suivant, Apple annonce la sortie de la bêta publique de Boot Camp, un utilitaire qui permet aux possesseurs de Macintel d'installer Windows XP sur leurs machines. La première version finale voit le jour lors de la sortie de Mac OS X v10.5 en octobre 2007, puisque intégrée à ce dernier.
Le passage à une plate-forme Intel a permis l'apparition d'initiatives, telles que OSx86, qui rendent partiellement possible l'installation de Mac OS X sur des PC. Ces ordinateurs sont souvent dénommés « Hackintosh » », mot-valise issu des mots Hack et Macintosh. Si le marché de ces nouveaux « clones » a attiré plusieurs entrepreneurs, Apple a très sévèrement combattu les tentatives de ventes de « Hackintosh ».
À la suite de l'annonce et la présentation de l'iPhone et de l'Apple TV à la Macworld Expo en janvier 2007, Steve Jobs annonce qu'Apple Computer Inc. devient officiellement Apple Inc., puisque les ordinateurs ne sont plus le seul secteur d'activité de la firme. L’iPhone, est lui mis en vente aux États-Unis à partir de juillet 2007 et à partir de novembre 2007 en France, en Allemagne et en Angleterre51.
Le mois suivant, dans une lettre ouverte, Steve Jobs demande aux majors du disque d'autoriser la vente de leur musique sans DRM52. Deux mois plus tard, en avril, l'une des quatre majors, EMI Group, annonce conjointement avec Apple que l'iTunes Store proposera à partir de mai des pistes du catalogue d'EMI sans DRM et avec un encodage au format AAC doublé à 256 kbits/s, offrant une qualité sonore supérieure.
En juillet de l'année suivante, pour alimenter l'iPhone OS en applications tierces diverses et variées, Apple ouvre l'App Store, une dépendance de l'iTunes Store, qui permet de télécharger des applications pour iPhone et iPod touch. En un mois, 60 millions d'applications y sont téléchargées, pour une moyenne d'un million d'US$ dépensés par jour, alors que la majorité des applications présentes sont gratuites.
En décembre 2008, Apple annonce dans un communiqué qu'après plus de 20 ans de présence à la Macworld Conference & Expo, l'édition 2009 sera la dernière pour la firme, et que contrairement aux annonces précédente, la keynote ne sera pas présentée par Steve Jobs, mais par Phil Schiller.
Le mois suivant, un mémo interne de Steve Jobs annonce qu'il se met en retrait de la direction opérationnelle d'Apple jusqu'en juin 2009, pour raisons de santé. Il est remplacé durant ce laps de temps par Timothy D. Cook.
Malgré la crise économique mondiale et l'absence de Steve Jobs, Apple réalise à l'époque son meilleur trimestre (hors période des fêtes) avec un chiffre d'affaires de 8,16 milliards d'US$ et 1,21 milliard d'US$ de bénéfices.
Après des années de spéculations et de rumeurs, Apple annonce le 27 janvier 2010 son tablet PC, l'iPad. Utilisant aussi l'iPhone OS, l'iPad dispose ainsi du même vaste catalogue d'applications. 300 000 appareils sont vendus le jour de son lancement aux États-Unis.
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